يقع الميناء على الساحل الشرقي لخليج السويس على بعد حوالي 30 ميلا بحريا جنوب مدخل قناة السويس.
يمكن حجز ممر قناة السويس مباشرة من ميناء السخنة وتجنب المرسى أمام السويس.